菌肥并不像氮磷钾那样，直接提供作物大量的营养元素，而是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。从而派生出以下八个方面的功能作用：
1、对土壤的改良：有益菌能产生大量糖类物质，与植物粘液、矿物胚体、有机胶结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增加土壤物理性能，一定条件参与腐殖质的形成，提高土壤有机质含量，降低土壤重金属。

2、提高土壤肥力：通过自身代谢产生的有机酸、无机酸，促进土壤难溶物质的转化，分解释放锁闭在土壤中的化肥盐和磷、钾等元素，使之有效利用。
3、营养作物：微生物影响作物淀粉酶及生物激素的分泌，促进叶绿素形成。
4、刺激微生物产生：促进作物分泌萘乙酸等生长激素，促进根系活性。比如淡紫紫孢菌这样的微生物还可以分泌类似吲哚乙酸的物质，促进种子萌芽及根系生长。
5、抗衰老：微生物能抑制细胞膜脂过氧化作用，提高细胞代谢能力。
6、降低有害物质：能降解农残和重金属除草剂等有害物质。
7、增产作物：微生物能促进光合作用，影响气孔导度调节呼吸，提高光合速率，增加光合产物积累，利于果实膨大。
8、改善农作物品质：微生物能提高叶片硝酸还原脂活性，增加蛋白质和脂肪合成含量。另外，在作物抗病抑菌，减少线虫、地下害虫危害、提质增效方面有着不可替代的作用。




（1）一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资；
（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到；
（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和菌种差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长；
（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
中国农民有使用有机肥的传统，十分重视有机肥的使用。美国、西欧、日本等发达国家，正在兴起”生态农业””有机农业”，十分重视使用有机肥料，并把有机肥料规定为生产绿色食品的主要肥源。
施用有机肥料最重要的一点就是增加了土壤的有机物质。有机质的含量虽然只占耕层土壤总量的百分之零点几至百分之几，但它是土壤的核心成分，是土壤肥力的主要物质基础。有机肥料对土壤的结构、土壤中的养分、能量、酶、水分、通气和微生物活性等有十分重要的影响。